In den Impfzahlen des Robert Koch-Instituts (RKI) fehlen stets einige Impfungen. Das RKI schreibt dazu: "Die berichteten (...) Meldedaten des RKI sind als Mindestimpfquoten zu verstehen, da eine 100-Prozent-Erfassung durch das Meldesystem nicht erreicht werden kann." Tatsächlich dürften die Impfquoten um etwa fünf Prozentpunkte höher sein als vom RKI angegeben, schätzt das Institut anhand anderer Datenquellen.

Menschen, die den Einmal-Impfstoff erhielten, galten ursprünglich als genauso gut geschützt wie zweifach Geimpfte. Dies hat sich im Nachhinein als nicht richtig erwiesen. Bereits seit Mitte Januar 2022 fielen daher einmal mit dem Johnson-Impfstoff Geimpfte zurück in den Status der einfach Geimpften. Die Betroffenen in den Daten rückwirkend richtig umzugruppieren war für das Robert-Koch-Institut lange jedoch nicht möglich. Aus den von den Vertragsärzten täglich gemeldeten Daten zu den Zweitimpfungen war nicht herauszulesen, wer davor eine Johnson-Erstimpfung erhalten hatte. Erst mit den Abrechnungsdaten der Kassenärztlichen Vereinigung, die alle paar Monate veröffentlicht werden, konnte die Korrektur Ende April 2022 vorgenommen werden - und auch nur für solche Impfungen, die bis September 2021 in einer Arztpraxis vorgenommen wurden. Dadurch wurde die Quote der zweifach Geimpften leicht nach unten und jene der einfach Geimpften nach oben korrigiert. Insbesondere bei den nach Altersgruppen aufgeschlüsselten Impfquoten führen die teilweise als Zweitimpfungen gemeldeten Johnson-Impfungen jedoch nach wie vor dazu, dass Quote der einfach Geimpften systematisch zu niedrig ist sogar unter der der zweifach Geimpften liegen kann.

Zu den Impfungen wird jeweils nur der Impfort erfasst, nicht aber der Wohnort der geimpften Person. Insbesondere bei Stadtstaaten kann dies zu Verzerrungen führen, wenn viele Menschen aus umliegenden Bundesländern dort geimpft wurden. Die Impfquote kann dadurch in der Darstellung sogar über 100 Prozent liegen. Eine Aufschlüsselung der Impfquote auf Ebene von Landkreisen ist aufgrund dieser Einschränkung nicht sinnvoll.

In den Grafiken auf NDR.de gab es zunächst die Formulierungen "mindestens einmal", beziehungsweise "vollständig" geimpft oder "geboostert". Seit Februar 2022 ist in den Grafik-Beschriftungen von einfach, doppelt oder dreifach Geimpften die Rede, da sich die wissenschaftliche Auffassung dessen, was als vollständige Impfung gilt, geändert hat. Dem wird durch die an dieser Stelle neutralere Formulierung Rechnung getragen.