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Einer der Schwerpunkte des Zoos ist die Zucht von Eisbären.
Der Zoo Rostock beherbergt etwa 1.700 Tiere aus 250 Arten. Dazu gehört auch der Eisbär, das Wappentier des Zoos. Seit 1980 führt der Tierpark das internationale Zuchtbuch dieser Tierart. Da regelmäßig Nachwuchs zur Welt kommt, leben "Weiße Riesen" aus Rostock inzwischen in vielen europäischen Tiergärten. Der Zoo ist bemüht, die Tiere in Gehegen zu halten, die ihrer natürlichen Lebenswelt nahekommen. Elefanten wird es daher künftig in Rostock nicht mehr geben. Der Bau einer entsprechenden Anlage wäre zu teuer. Allerdings soll Elefantendame Sara bis zu ihrem Tod in der Hansestadt bleiben.
Vielen Tieren können sich Besucher fast distanzlos nähern - so auch in der Krokodilhalle. Große Glasscheiben geben dort Blicke in die Unterwasserwelt der Echsen frei, auf eine afrikanische Schildkröte und Krokodilkaimane. An einem Nisthügel legen sie ihre Eier ab. Publikumsmagnet ist die fast neun Meter hohe und 2.000 Quadratmeter große, begehbare Seevogelvoliere. Dort leben Inka-Seeschwalben, Meeresenten, Stelzenläufer und andere Wattvögel. Besucher können sie während der Balz beobachten und die Aufzucht der Küken oder das Flüggewerden der Jungtiere erleben.
Bei den Geparden gab es im Sommer 2010 vierfachen Nachwuchs.
Eine Löwensavanne und die Gebirgswiese der Schneeleoparden mit künstlichem Felsen gehören zu den großen Freianlagen. Von verschiedenen Beobachtungspunkten aus lassen sich die Tiere in ihren Gehegen mit Wiesen und Wasserflächen betrachten. Im Juli 2010 kamen in Rostock vier Geparden zur Welt. Die jeweils zwei weiblichen und männlichen Jungtiere werden von Hand aufgezogen, da ihre Mutter kurz nach der Geburt starb.
Zu der Anlage gehört auch ein neues Stallgebäude für die Tiere, das sogenannte Antilopenhaus.
Frisch renoviert ist seit Mitte Oktober die denkmalgeschützte Huftieranlage im historischen Teil des Zoos. In dem 7.000 Quadratmeter großem Gehege, das ohne Zäune und auskommt und stattdessen auf naturnahe Gräben setzt, haben drei Pferdeantilopen und fünf Litschi-Moorantilopen ein neues Zuhause gefunden. In Zukunft sollen weitere Tiere dazukommen. Jüngstes Projekt des Tierparks ist ein "Darwineum". Es soll ein Tropenhaus für Menschenaffen, eine Ausstellung und ein Tagungszentrum umfassen und im Frühjahr 2012 eingeweiht werden.
Bereits heute bietet der Zoo verschiedene Mitmachaktionen für Kinder an. Sie können an 17 "Erfahrungsstationen" aktiv werden, etwa im Kletterwald nahe dem Affengehege turnen, bei den Flamingos balancieren oder am "Themenweg Wasser" das nasse Element ausprobieren. Außerdem locken mehrere Spielplätze. Auch für Pflanzenliebhaber lohnt sich ein Besuch des Zoos, der seine Ursprünge in einem Dendrologischen Garten hat, also einer Sammlung von Bäumen und Gehölzen. So gehört ein etwa 125 Jahre alter Riesenmammutbaum im Zoo zu den Naturdenkmälern Rostocks. Sehenswert sind außerdem der Rhododendronhain, das Dahlienquartier und die Eichenallee.